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Sul territorio comunale è ubicata la stazione ferroviaria di Novate servita dalle LineeLinee S di Milano.svg del Servizio ferroviario suburbano di Milano:

* Linea S1 (Lodi - Milano - Saronno)
* Linea S3 (Milano Cadorna - Saronno).

Entrambe le linee sono gestite dalla società LeNord del gruppo FNM.

Inoltre, la linea 82/ dell'Azienda Trasporti Milanesi collega la zona nord di Novate con la Stazione centrale di Milano dal lunedì al sabato.

Il comune è attraversato dall'Autostrada A4 Torino-Trieste ed è facilmente raggiungibile tramite lo svincolo di Cormano.

La Strada provinciale 46 "Rho-Monza" che costeggia il territorio comunale permette la facile raggiungibilità dell'Autostrada dei laghi e della Strada Statale 35 dei Giovi.

Sino ai primi anni settanta nel Comune di Novate era attiva la "Linea E" della S.A.S. (Società Autolinee Sestesi). La linea E (ex linea 704 del Consorzio Trasporti Pubblici di Sesto, gestita da ATM) partiva da Sesto San Giovanni lungo Cinisello Balsamo, Cormano, percorreva il Comune di Novate in senso trasversale sino all'ex passaggio a livello di Via Repubblica / Via Vialba per poi scendere a Quarto Oggiaro nel Comune di Milano e attestarsi presso l'Ospedale Sacco. Il tratto tra l' Ospedale Sacco, Quarto Oggiaro, Novate e Cormano fu soppresso col subentro di ATM il 2 maggio 1976 nella gestione di tutte le linee di questa società.